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如果您已经取消了建行的短信服务费，但银行仍然扣除了该费用，您可以采取以下措施进行退款申请。
1、联系银行客服：您可以拨打建行客服电话，向客服人员说明情况，并要求退款，客服人员会要求您提供相关个人信息和交易记录，以便核实您的身份和退款申请。
2、提交书面申请：如果您无法通过电话解决问题，也可以前往建行柜台或寄送书面申请至银行，详细说明您的退款原因和申请，银行会根据您的申请进行核实处理。
3、提供相关证据：在申请退款时，您需要提供相关证据，例如取消短信服务的时间、交易记录、银行扣除短信服务费的记录等，这些证据可以帮助银行核实您的申请并加快处理速度。
无论采取哪种方式，建议您在第一时间联系银行并说明情况，以便尽快解决问题，也要确保您的账户安全，避免发生其他不必要的损失。